Seiring dengan ditetapkannya MAN 3 Sleman sebagai MAN MODEL dengan SK Dirjen Binbaga Islam Departemen Agama RI No.E.IV / PP.00.6 / KEP/ 17.A / 98, maka Madrasah melakukan roadshow ke daerah-daerah di luarYogyakarta yang bertujuan untuk mencari input siswa-siswa yang berkualitas. Upaya ini mampu menarik minat para siswa yang memiliki potensi baik akademik maupun non akademik untuk datang dari berbagai daerah.
Namun, keberhasilan roadshow ini ternyata melahirkan persoalan lain yang lebih kompleks, yaitu terkait fasilitas tempat tinggal para siswa. Musyawarah yang dilakukan menghasilkan keputusan perlunya pengadaan asrama atau pondok pesantren yang mana tidak hanya difungsikan untuk tempat tinggal para siswa yang berdatangan dari luar daerah namun juga sebagai tempat penguatan pendidikan karakter.
Awal mula pengadaan fasilitas ini, yaitu tahun 2000-2010, Madrasah bekerja sama dengan pondok pesantren Al Ihsan, Murangan, Sleman. Beberapa kendala dihadapi mulai dari jarak tempuh yang cukup jauh dan jumlah siswa yang tidak begitu banyak. Namun, hal itu tidak menghentikan kedatangan siswa-siswi tiap tahunnya, khususnya para siswa dari Pemalang yang merupakan siswa-siswi berprestasi pilihan dari beberapa sekolah di sana.
Pada tanggal 12 Januari 2010, terbit Surat Direktur Jenderal Pendidikan Islam Direktorat Pendidikan pada Madrasah Kementerian Agama RI Nomor: DT.LI/PP.00/19/2010 tentang Rencana Program Akreditasi Madrasah bagi madrasah unggulan yang diproyeksikan untuk konversi menjadi Madrasah Bertaraf Internasional (MBI). Hal ini memotivasi Madrasah untuk mendirikan asrama atau pondok pesantren dengan upaya komunikasi yang terus menerus dilakukan oleh Kepala Madrasah, Bapak Drs. Suharto dengan bapak ibu guru MAN 3 Sleman. Akhirnya, dari hasil jalinan komunikasi tersebut diputuskan pendirian Pondok Pesantren di lingkungan Madrasah.
Pendirian Pondok Pesantren oleh MAN 3 Sleman berbeda dengan pondok pesantren pada umumnya baik dari segi bangunan maupun kurikulumnya. Faktanya, berdasarkan polarisasi Pesantren yang muncul, pendirian sebuah pondok dapat dilihat dari dua aspek, yaitu: (1) berdasarkan bangunan fisik, yaitu adanya bangunan Masjid, rumah kyai, dan pondok atau asrama, dan (2) berdasarkan kurikulum, yaitu menyiapkan materi untuk pembelajaran di pondokyang bersumber dari kitab-kitab klasik. Adapun Pondok Pesantren MAN 3 Sleman termasuk ke dalam kategori aspek yang kedua, yaitu sebagai Pesantren yang dilahirkan oleh Madrasah.
Pondok Pesantren MAN 3 Sleman yang diberi nama PP. Muntasyirul ‘Ulum dibangun dengan tetap berprinsip sebagai lembaga keagamaan yang melakukan transformasi ilmu-ilmu agama dan penanaman nilai-nilai Islam berdasarkan keselarasan visi misi Madrasah. Menariknya, pembukaan acara launching pendirian PP. Muntasyirul ‘Ulum turut mengundang Bapak Dr. Maftuh Basyuni, yaitu Mantan Menteri Agama RI sekaligus salah satu alumni yang dipandang sangat berhasil di tingkat nasional maupun internasional.
Pada tanggal 2 Agustus 2010, kegiatan kepesantrenan pertama kali mulai dilaksanakan di PP. Muntasyirul ‘Ulum. Selaras dengan maknanya, yaitu sebagai penyebar ilmu pengetahuan, PP. Muntasyirul ‘Ulum memiliki cita-cita untuk bisa menjadi pesantren yang menyebarkan dan memperluas akses khasanah keilmuan Islam sekaligus menjadikan siswa-siswi MAN 3 Sleman sebagai santri yang berkarakter dengan dibekali kemampuan Bahasa Arab dan Inggris. Pembenahan kerap kali dilakukan tiap tahunnya sampai detik ini melihat adanya animo masyarakat yang cukup tinggi untuk tinggal di PP. Muntasyirul Ulum, mulai dari pemantapan kinerja semua pihak, perbaikan konsep pembelajaran, pematangan materi, dan penyempurnaan administrasi pondok pesantren.